|
|
Studium vlastností membránového napěťového senzoru ASAP1 exprimovaného v buněčné linii HEK 293
Sanetrníková, Dominika ; Chmelíková, Larisa (oponent) ; Svoboda, Ondřej (vedoucí práce)
Tato práce se v úvodu věnuje seznámení s plasmidovou DNA, která se v podobě vektoru využívá v molekulární biologii. Ve formě fluorescenčních sond lze plasmidy využít pro měření změn membránového potenciálu. Do jejich struktury se přidává barvivo fluorofor. Důležitým zástupcem této práce je fluorescenční sonda ASAP1, která obsahuje zelený fluorescenční protein, jehož reakcí na změnu membránového potenciálu je pokles intenzity emitovaného světla. Cílem práce bylo provést chemickou transfekci tohoto plasmidu do buněčné linie HEK293 a provést jeho charakterizaci. V práci je rovněž navržena metoda pro analýzu časového průběhu změn fluorescence v závislosti na depolarizaci buněčné membrány. V závěru práce je popsán uskutečněný experiment včetně diskuze získaných výsledků.
|
|
|
Aggregation Behaviour of Polysaccharides in Aqueous Solutions
Mravec, Filip ; Valko, Marián (oponent) ; Hrdlovič, Pavol (oponent) ; Valko, Marián (oponent) ; Pekař, Miloslav (vedoucí práce)
his thesis is focused on aggregation properties of native and hydrophobized hyaluronan, in different molecular weights and degree of substitution, in aqueous solutions. These samples were studied using six different fluorescence probes (Pyrene; Nile red; Perylene; Acridine orange; 6-(p-Toluidino)-2-naphthalenesulfonic acid; PRODAN) and results were compared with simple anionic surfactant (Sodium dodecyl sulfate). All used probes were tested for their spectral properties in dependence on polarity and/or concentration. Two of them (Pyrene, Nile red) were selected to determine apolar core properties of novel hydrophobicaly modified hyaluronan. Domains were tested for polarity and viscosity and dependencies of these two parameters on ionic strength and temperature. For modified hyaluronans were found that critical aggregation concentration decreasing with increasing degree of substitution and molecular weight. Domain qualities show their compactness increasing with increasing ionic strength and decreasing with increasing temperature.
|
|
|
Vliv lyofilizačních podmínek na hydrofobní interakce mezi nativním hyaluronanem a fluorescenční sondou
Říha, Karel ; Venerová, Tereza (oponent) ; Enev, Vojtěch (vedoucí práce)
Biopolymer nativní hyaluronan disponuje amfifilním charakterem své molekuly. Což znamená, že v sobě obsahuje část hydrofilní i hydrofobní. Tento charakter molekuly napomáhá interakcím mezi hydrofobními ligandy a hydrofobními části řetězce, což z hyaluronanu činí jednu ze sloučenin, které jsou potenciálně vhodné jako nosičové systémy léčiv. Cílem této bakalářské práce bylo připravit nosičový systém na bázi hyaluronanu a modelové hydrofobní sloučeniny (fluorescenční sondy). Námi použitou fluorescenční sondou byl pyren. Dále byla práce zaměřena na studium lyofilizačních podmínek, které by vedly k faktickému ovlivnění hydrofobních interakcí mezi námi použitými látkami. Hlavními technikami, které nám posloužily k ověření efektivity lyofilizace (a to ve smyslu podpoření vzniku hydrofobního efektu mezi jednotlivými řetězci hyaluronanu), byly: termogravimetrická analýza, fluorescenční spektrometrie, a v neposlední řadě infračervená spektroskopie s Fourierovou transformací.
|
|
|
Charakterizace nově vyvinutých fluorescenčních sond v buněčných systémech
Kadlecová, Julie ; Hubálek Kalbáčová, Marie (vedoucí práce) ; Hendrych, Tomáš (oponent)
Nanočástice (NP) představují v současné době progresivní oblast vědeckého výzkumu. Možnost syntetizovat je podle požadovaných parametrů otevírá možnosti pro jejich široké využití i v biomedicíně. Jedním z příkladů jsou nanočástice schopné detekovat buněčné děje, například pH. Již víme, že pH zdravé a rakovinné buňky se liší opačným gradientem na intracelulární a extracelulární straně membrány. V tomto kontextu se tato práce zabývá studiem fluorescenčních křemíkových nanočástic (SiNP) testovaných na buněčné linii lidských keratinocytů ze zdravého dárce (HaCaT) a z dárce s rakovinou kůže (A431). Po zjištění, že ani nejvyšší použité koncentrace SiNP nepůsobí cytotoxicky, mohly být dále studovány pomocí fluorescenční, konfokální a super-rezoluční mikroskopií. Aby bylo možné posoudit pH detekční vlastnosti těchto SiNP, byla zavedena metoda na měření intracelulárního pH fluorescenční raciometrickou sondou SNARF-1 pomocí fluorescenční spektroskopie a průtokové cytometrie. Jelikož jsou hodnoty pH intracelulárního prostředí úzce spjaty s buněčným metabolismem, byl taktéž charakterizován a porovnán metabolismus buněk linie A431 a HaCaT. K tomu byly využity metody pro měření spotřeby analogu glukózy (2-NBDG) a poměrně nová metoda na měření metabolismu v reálném čase SeaHorse. Rozdíly pozorované mezi buněčnou...
|
|
|
Sledování účinku medicínsky významných léčiv na aktivitu lidského P-glykoproteinu pomocí fluorescenčních sond
Veľas, Lukáš ; Gášková, Dana (vedoucí práce) ; Sigler, Karel (oponent)
Jednou z hlavných príčin zlyhávania liečby rakoviny pomocou chemoterapie je fenomén tzv. mnohonásobnej liekovej rezistencie (multidrug resistance - MDR). Najdôležitejším proteínom sprostredkujúcim MDR v ľudských bunkách je P-glykoproteín. Hlavným cieľom práce bola modifikácia fluorescenčnej metódy, vyvinutej pre štúdium kvasinkových MDR púmp na Oddelení biofyziky FÚ UK, pre štúdium činnosti P-glykoproteínu v ľudských nádorových bunkách. Fluorescenčná metóda je založená na použití redistribučnej potenciometrickej sondy diS-C3(3), o ktorej sme zistili, že je substrátom P-glykoproteínu. Optimalizácia metódy (experimentálne okno) umožnila citlivé monitorovanie zmien aktivity P-glykoproteínu účinkom niekoľkých jeho známych inhibítorov/substrátov: oligomycínu, amiodaronu, verapamilu, vinblastínu, ketokonazolu, itrakonazolu a FK506. V rámci práce boli získané nové, dôležité výsledky týkajúce sa účinku týchto medicínsky významných látok na ľudské bunky. Vyvinutá metóda bude nepochybne veľkým prínosom v budúcnosti pri hľadaní nových účinných inhibítorov a skúmaní mechanizmov ich účinku.
|
|
|
Hydrosolubilization of BODIPY for optical labelling of biomolecules
Bartoň, Jan ; Kotek, Jan (vedoucí práce) ; Vrábel, Milan (oponent)
1 Abstrakt Cílem této práce bylo ukázat syntézu a potenciální využití fluorescenčních sond rozpustných ve vodě založených na BODIPY. Konkrétně se jednalo o přípravu sond s mono- a heterobi- funkčními funkčními skupinami. Bylo nezbytné optimalizovat podmínky pro spolehlivou, škálo- vatelnou a rychlou sulfonaci BODIPY v polohách 2,6. Dále byl vytvořen postup pro práci se sulfonovaným BODIPY, především výměnu protiiontů. Při výběru protiiontů byla uvažována jejich biokompatibilita, reakční cesta při syntéze a separace produktů. Ve druhé části práce byla připravena série ve vodě rozpustných fluorescenčních sond, do kterých lze snadno zavést bioaktivní nebo bioortogonální funkční skupiny. Takto modifikované sondy lze využít v klik chemii ve spojení s off/on sondou nebo pro fluorescenční detekci molekul či iontů. Zásadní je, že navržené aplikace lze provádět ve vodných roztocích bez použití orga- nických rozpouštědel, což je nezbytné pro biochemické, analytické a zobrazovací uplatnění. Klíčová slova BODIPY, bifunkční, rozpustná ve vodě, fluorescenční sonda, solubilizace, biokompatibilní sonda, bioortogonální reakce, sulfonace BODIPY
|
|
|
Bifunkční BODIPY pro optické značení biomolekul
Bartoň, Jan ; Kotek, Jan (vedoucí práce) ; Henke, Petr (oponent)
V této práci byl připraven ve vodě rozpustný derivát BODIPY s aktivní skupinou umožňující připojení dalších skupin. Cílová aplikace tohoto bifunkčního bioortogonálního derivátu BO- DIPY je fluorescenční značení biomolekul využitelné v molekulární biologii a biochemii. Hlavní náplní této práce byla optimalizace syntézy BODIPY jádra a sulfonace BODIPY v polohách 2,6. Bylo zjištěno, že sodná sůl sulfonovaného BODIPY je nevhodná pro další deriva- tizaci BODIPY z důvodu omezené rozpustnosti v méně polárních rozpouštědlech než methanol. Na základě tohoto zjištění byla připravena ethyldiisopropylamonná sůl sulfonovaného BODIPY, která je velmi dobře rozpustná v polárních i nepolárních rozpouštědlech. Tyto poznatky budou využity při syntéze bifunkčního ve vodě rozpustného derivátu BODIPY. Byl potvrzen potenciál palladnatého komplexu BODIPY pro detekci CO. Klíčová slova BODIPY, bifunkční, rozpustné ve vodě, fluorescenční sonda, fluorescence, značení proteinů, solubilizace
|
|
|
Studium vlastností membránového napěťového senzoru ASAP1 exprimovaného v buněčné linii HEK 293
Sanetrníková, Dominika ; Chmelíková, Larisa (oponent) ; Svoboda, Ondřej (vedoucí práce)
Tato práce se v úvodu věnuje seznámení s plasmidovou DNA, která se v podobě vektoru využívá v molekulární biologii. Ve formě fluorescenčních sond lze plasmidy využít pro měření změn membránového potenciálu. Do jejich struktury se přidává barvivo fluorofor. Důležitým zástupcem této práce je fluorescenční sonda ASAP1, která obsahuje zelený fluorescenční protein, jehož reakcí na změnu membránového potenciálu je pokles intenzity emitovaného světla. Cílem práce bylo provést chemickou transfekci tohoto plasmidu do buněčné linie HEK293 a provést jeho charakterizaci. V práci je rovněž navržena metoda pro analýzu časového průběhu změn fluorescence v závislosti na depolarizaci buněčné membrány. V závěru práce je popsán uskutečněný experiment včetně diskuze získaných výsledků.
|
|
|
Aggregation Behaviour of Polysaccharides in Aqueous Solutions
Mravec, Filip ; Valko, Marián (oponent) ; Hrdlovič, Pavol (oponent) ; Valko, Marián (oponent) ; Pekař, Miloslav (vedoucí práce)
his thesis is focused on aggregation properties of native and hydrophobized hyaluronan, in different molecular weights and degree of substitution, in aqueous solutions. These samples were studied using six different fluorescence probes (Pyrene; Nile red; Perylene; Acridine orange; 6-(p-Toluidino)-2-naphthalenesulfonic acid; PRODAN) and results were compared with simple anionic surfactant (Sodium dodecyl sulfate). All used probes were tested for their spectral properties in dependence on polarity and/or concentration. Two of them (Pyrene, Nile red) were selected to determine apolar core properties of novel hydrophobicaly modified hyaluronan. Domains were tested for polarity and viscosity and dependencies of these two parameters on ionic strength and temperature. For modified hyaluronans were found that critical aggregation concentration decreasing with increasing degree of substitution and molecular weight. Domain qualities show their compactness increasing with increasing ionic strength and decreasing with increasing temperature.
|
host ::
RSS.